Aliağa, tarih boyunca insanlık tarihinin en önemli uygarlıklarının kurulduğu Aiolis bölgesinde kurulmuştur. Antik dönem ve Bergama uygarlıklarından izler taşımaktadır. Ege denizi kıyılarında sayıları 30'u aşan Aiol kentleri arasında en büyük ve önemlilerini oluşturan 12 kentten 3’ü Kyme, Myrina ve Gryneion ilçe sınırları içerisinde bulunmaktadır. Aliağa, Osmanlı döneminde bir çiftlik halindeyken süreç içinde küçük bir köye, Cumhuriyet döneminde 1937’den itibaren bir tarım ve balıkçı kasabasına dönüşmüştür.

ANTİK DÖNEM TARİHÇESİ

Bugünkü bilgilerimize göre yaklaşık İ.Ö.1180 yıllarına dek süren ve gerisinde büyük bir boşluk bırakan Deniz Kavimleri hareketinin durulmasından sonra Hellas (Yunanistan), bugün Makedonya ve Kuzey Yunanistan'da yerleşmiş ve Hellence'nin değişik bir lehçesini konuşan Dor kabilelerinin istilasına uğradı. Bu kabileler, Hellas'da standardı yüksek bir uygarlık kurmuş ve Deniz Kavimleri hareketleri ile de bu uygarlığın çöküşünü yaşamış olan Aka toplumuna nazaran göçebeliğe dayanan zinde toplumsal örgütlenmelerini korumuşlardı. 

Dor kabilelerinin ağır baskıları karşısında Aka halklarının artıkları Deniz kavimleri kargaşasından yaklaşık 100 yıl sonra efsanevi önderlerinin liderliğinde daha önceden tanıdıkları bir yakın coğrafyaya, Batı Anadolu kıyılarına göç etmeye başladılar. Daha sonra tarihte İonlar olarak anılacak gruplar Smyrna (İzmir) ile Büyük Menderes nehri arasındaki kıyılara ve Samos (Sisam), Khios (Sakız) gibi karşı adalara çıktılar. 

Hellence'nin başka bir lehçesini konuşan Aiol kabileleri ise önceleri Hellas'ın Thessalia ve Boiotia bölgelerinde ve karşı adalarda yaşıyorlardı. İlk çağda yaşayan ve Pseudo Herodotos olarak tanınan bir tarihçi “Homeros'un Hayatı” adlı eserinde Aioller'in, Kuzeybatı Anadolu kıyılarına göçlerinin İ.Ö.1140 yılında Lesbos (Midilli) adasının işgaliyle başladığını söylemektedir. Ona göre Kyme 1120; Neonteikhos 1112; Smyrna ise 1102 yılında kurulmuştur. Bizans tarihçisi Eusebios ise bu kentlerin içinde sadece Myrina'nın kuruluş tarihini yaklaşık yüzyıl sonraya, İ.Ö.1047 yılına vermektedir. Aioller en kuzeyde Kyzikos'dan (Erdek yakınlarında) ve Granikos (Biga) Çayı'ndan güneyde Smyrna (İzmir) Körfezi'ne dek yayılmışlardı. 

İonia Göçü’nden sonra, Eolia ve İonia bölgesinde Grek koloni kentleri kurulmuştur. Günümüzde Aliağa’nın bulunduğu bölgede de; Kyme, Myrina, Grineion, Elaia, Pitane ve Aigai kurulmuştur. Anadolu’nun Persler tarafından istilası sırasında, bu kentlerin büyük bir kısmı Perslerin egemenliğine girmiştir. MÖ.312’de Büyük İskender, Perslerin egemenliğine son verdikten sonra, bu kentlerin büyük bir kısmı Makedonya egemenliği altına girmiştir. İskender’in ölümünden sonra, Aliağa’nın da bulunduğu yöre Pergamon Krallığı’nın egemenliğine girmiştir. Pergamon Kralı III.Attalos’un vasiyeti üzerine, Romalılar buraya hakim olmuştur.

Roma’nın ikiye ayrılmasından (395) sonra, Aliağa yöresi, Bizanslıların egemenliğine girmiştir. Bölge  Arap akınlarına uğramış, İmparator II.Leon döneminde (717-741), Araplar ile yapılan antlaşma sonunda; İzmir- Bergama arasında kalan bölge Arapların yönetimine bırakılmış ama Arapların İstanbul’u kuşatmaları başarısız olunca, Araplar Anadolu’dan çekilmişlerdir. Bizans Asya'sının önemli kentleri şunlardır: Komnenler soyu ile Anadolu'da Türk etkisi görülmeye başladı ve 1071 Malazgirt Savaşından sonra Anadolu hızla Türkleşmeye başladı. Malazgirt Savaşı’ndan sonra, Türkmen boylarının bir kısmı buraya yerleşmiştir. 

BEYLİKLER VE OSMANLI DÖNEMİ

Beylikler ve Osmanlı dönemlerinde Aliağa yöresindeki en önemli yerleşim yeri, günümüzde Aliağa’nın en büyük köyü olan Güzelhisar’dır. Aliağa’ya 6 km mesafededir. 1313-1320 yıllarında kurulan Güzelhisar, Türklerin Batı Anadolu’daki ilk yerleşim yerlerindendir. Bölge Türkler tarafından ele geçirilince iki kazadan biri Güzelhisar’dır. Diğeri ise Menemen’dir. Anadolu o dönemde beyliklere bölünmüştür ve Bizans’ın etkisini günden güne yitirdiği bir dönemi yaşamaktadır. Güzelhisar Saruhanoğulları’nın denetiminde kalmış ve onlar tarafından korunmuştur. 1575 yılında Saruhan Sancağının kazalarından biriydi. Osmanlı döneminde ticaret yolunda bulunan Güzelhisar önemli bir merkez olmuştur. Ancak, 1835’te ortaya çıkan veba salgınından sonra nüfusu çevre köy ve kasabalara dağılmıştır. Kaza olma niteliğini 1870’te yitirmiştir. Bir süre için Foça’ya bağlı kalmış, daha sonra Menemen’e bağlanmıştır. Bu dönemlerde deniz kıyısında “Aliağa Çiftliği”, “Paşa Çiftliği”, Arap Çiftliği” gibi çiftlikler bulunmaktadır. Bu çiftliklerde yoğunlukla Rum aileler yaşamaktaydı.  

Ali Ağa Çiftliği bölgesi, 1867’lerden itibaren köy haline gelmiş, 1867 yılı tarihli “Emr-i Şarif ile Saruhan Sancağı Güzelhisar-ı belgesinde Ali Ağa Çiftliği yanında Pazar günleri her hafta Halk pazarı kurulmasına izin verildiği” yazılıdır. 1875’li yıllarda Osmanlı uyruğuna bağlı olan Baltacızade’nin eşi Eliza Baltacı ölür. Varisi olmadığı için toprakları devlete kalır. Devlet de toprakları verdiği bir ilanla satılığa çıkarır. Aliağa, 1890 yılı “Aydın Vilayeti Salnamesi”nde; Menemen kazasına bağlı bir köy olarak kayıtlıdır. Bu dönemde köyde 101 hanede 801 nüfus yaşamaktadır.

CUMHURİYET DÖNEMİ

1. Dünya Savaşı’ndan sonra Yunanlılar, 15 Mayıs 1919’da İzmir’e asker çıkardıklarında Aliağa’da yaşayan halk buradan ayrılmış ve yerlerine Midilli Adası’ndan gelen Rumlar yerleşmiştir. Aliağa, 9-10 Haziran 1919’da Yunan işgaline uğramıştır. Düşmanın 9 Eylül’de İzmir’de denize dökülmesinin ardından, Türk Ordusu 13 Eylül 1922 günü Aliağa Çiftliğine geldi. Aliağa Çiftliğindeki Yunan birlikleri ve yerli Rumlar bölgeyi bu sırada boşaltılar. Cumhuriyet’in kurulmasının ardından 1924'te Yunanistan'dan “Mübadele” yoluyla gelen Türk göçmenler Aliağa Çiftliği’nde Kazım Dirik Mahallesi'ne yerleştirildi.

1936 yılı sonu ve 1937 yılında gelen Bulgaristan Göçmenleri de Kurtuluş Mahallesi'nde iskân edildi. Göçmenler bu topraklara yerleştikten sonra, Aliağa Çiftliği Cumhuriyet döneminin bucak merkezlerinden biri olmuştur. 1951-1952 yıllarında Aliağa'ya Bulgaristan ve Yugoslavya'dan yeni göçmenler geldi. Yeni gelenler, Aliağa'nın değişik mahallerinde kendilerine yer buldular. Bu tarihlerde nüfus birden artınca 1952 yılında Aliağa'da Belediye teşkilatı kuruldu. Belirtilen tarihlerde, Aliağa Beldesinde isim yine Aliağa Çiftliğiydi. 

1952–1960 dönemlerinde Aliağa Çiftliği bucak olmasına rağmen, tipik bir kıyı köyü görünümündeydi. 1970'li yıllar T.P.A.O ve İzmir Rafinerisi'nin kuruluş yıllarıydı. Hızlı bir gelişme vardı. İşleri yürütmek üzere müteahhitlerle birlikte, teknik eleman ve iş arayanlar Aliağa'ya akın etti. Nüfus sürekli artıyor, ekonomik yaşam giderek canlanıyordu. 14 Ocak 1982 tarihine gelindiğinde Aliağa beldesi ilçe oldu. Kasaba ilçe statüsüne erince, yeni idareci ve memurlar atandı. Yurdun her tarafından ilçeye gelenlerle burada oturan insan sayısı daha da çoğalmıştır. 1980- 1990’lı yıllarda çalışmak amacıyla Türkiye’nin dört bir yanında işgücü Aliağa’ya gelerek yerleşmiştir. 1989-90 yıllarında da Bulgaristan’dan göçmenler Aliağa’ya gelerek yerleşti.