Antik kentin limanı, Kalabasar Tepe ile Andız Tepe arasında korunaklı bir alanda ve arazi yapısının avantajlarından faydalanılarak inşa edilmiştir. Günümüzde yaklaşık 500 m. genişliği tespit edilen limanın yalnızca giriş kısmında, mendireğe ait kesme taş bloklar yüzeyden görülebilmektedir. Olasılıkla güneyinde yer alan agora ile bağlantılı mimarinin olduğu liman yapıları hala toprak ve sualtında korunmaktadır. Topografya ve coğrafi şartlar göz önüne alınarak yapılan Myrina limanı hilal şeklinde, hâkim rüzgârlardan korunması amacıyla kuzeydoğu-güneybatı yönünde yapılmıştır. Antik kentin yüzeyde görülen cadde sistemi takip edildiğinde limandan agoraya, agoradan tiyatroya uzanan mermer bir caddenin aynı aks üzerinde oldukları tespit edilmiştir. Smith, Myrina’nın çok güçlü ve küçük bir kent olduğunu, güzel bir limanı olduğunu belirtmektedir.